、国本已定，廷推内阁大臣时，于慎行名列七位候选人之首。万历见势不可违，才命他以原官加太子少保兼东阁大学士入阁办事。但这时候，于慎行已经重病缠身，只能勉强到京觐见。不数日，卒于京华官邸，年六十三岁。于慎行死后，赠太子太保，谥文定。